Під час гітлерівської окупації м. Києва у 1941–1943 роках Бабин Яр став місцем масових розстрілів окупантами мирного населення і радянських військовополонених, передовсім – євреїв та циган (за етнічною ознакою), а також партійних та радянських активістів, підпільників, членів Організації УкраїнськихНаціоналістів (переважно членів ОУН А.Мельника), заручників, «саботажників», порушників комендантської години та інших осіб.
Встановлено, що страти у Бабиному Яру почалися 27 вересня 1941 р. – розстрілу піддавалися єврейські сім’ї, політпрацівники Червоної Армії, співробітники НКВС, затримані підпільники та ніші громадяни. Масові розстріли у Бабиному Ярі проводилися до звільнення Києва від окупації. Одночасно людей знищували у розташованому поруч із Бабиним Яром Сирецькому концтаборі (до 25 тис. жертв).
Серед каральних акцій у Бабиному Яру найбільші відомі:
– 29 та 30 вересня 1941 р. розстріляли близько 34 тисячі євреїв та громадян інших національностей (членів сімей тощо). Відповідно до статистичних даних окупаційної адміністрації, до 9 листопада 1941 р. чисельність розстріляних євреїв перевищила 55 тис.
–10 січня 1942 року страчено близько 100 матросів і командирів Дніпровського загону Пінської військової флотилії;
– у 1942–1943 рр. розстріляно понад 600 членів ОУН.
На сьогодні найбільш достовірною цифрою жертв Бабиного Яру вважається та, що оприлюднена на Нюрнберзькому процесі над головними військовими злочинцями – близько 100 тисяч осіб (згідно висновків спеціальної державної комісії для розслідування нацистських злочинів під час окупації Києва).
Національний історико-меморіальний заповідник «Бабин Яр» створений Постановою Кабінету Міністрів України від 1 березня 2007 р. № 308 „Про Державний історико-меморіальний заповідник «Бабин Яр» з метою вшанування та увічнення пам’яті жертв війни і політичних репресій.